En 1921 se crea la Liga Salteña de Futbol, siendo Juventud Antoniana uno de los clubes fundadores, su primer título local llega en 1928. Hasta 1967 el interior no tenía lugar en los torneos de AFA por lo que el Santo se convirtió en el equipo más popular de la provincia en base a su prestigio y campeonatos ganados en el ámbito local.

En 1968 debuta en el torneo Regional, volviendo a ser el representante salteño en este torneo en los años siguientes, hasta que en 1971 finalmente se le da el título y primera clasificación salteña a un torneo de primera división, para conseguir este primer logro salteño a nivel nacional, el Santo venció a Gimnasia de Jujuy por 4 a 1, con récord de recaudación nacional, y cerrando la clasificación en Catamarca, al vencer a Sarmiento, con una caravana nunca vista en la historia del futbol salteño. El Nacional 71 fue una revolución para Salta, el partido más recordado (más allá del debut ante Newells en Salta), fue el partido en el Monumental ante el poderoso River, con gol de chilena de José Luñiz, el Santo se puso en ventaja, pero el local le dio vuelta con un polémico arbitraje, ganando el millonario por 2 a 1.

Otros partidos muy recordados en los Nacionales son el empate ante Racing en Salta en el 75, en el mismo Nacional, goleada a favor ante Gimnasia de La Plata por 6 a 1. La máxima goleada ante Santa Rosa de la Pampa por 7 a 1 en el 83, derrota en el debut también en el Nacional 83 ante San Lorenzo en cancha de Velez, con una multitud que viajo desde Salta.

Una nueva restructuración marcaba un nuevo objetivo, llegar al flamante Nacional B de AFA, para ello se crea el Torneo del Interior, torneo en que Juventud participa en forma consecutiva desde 1986 hasta 1995, sin conseguir el ascenso, pero jugando todos los torneos de estas características, hasta su reemplazo por el Argentino A, en el debut de este nuevo torneo, en la temporada 1995/96, el Santo realiza una gran campaña, llegando a la final ante Cipolletti. En la ida en Salta fue empate en cero, lo que parecía que el sueño del ascenso iba a volver a quedar trunco, pero once héroes consiguieron el triunfo en el sur, el gol de Espeche retumbo en toda la provincia, y luego de tantos años de lucha, se pudo llegar por fin al Nacional B, fueron 10 años de lucha para llegar a este objetivo.

Solo una temporada en Nacional B, un golpe durísimo, el descenso, pero nuevamente el ascenso, un equipo de categoría para volver a gritar campeón del Argentino A en el 98 y volver a la máxima categoría de ascenso. En este regreso el Santo hizo su mejor campeonato en un torneo de AFA, un equipo que dejaba todo en cada partido, se llegó a los play off, dejando en el camino a Gimnasia y Tiro, San Martin de Tucumán y la semifinal ante All Boys, con el recordado 5 a 3 en Floresta, con un cierre de oro, con el gol de mitad de cancha de Miguel Ángel “Pichi” Velarde, en la final ante el Chacarita del sindicalista Barrionuevo no se pudo, empate en Salta y derrota en San Martín.

Hasta el 2006 se mantuvo la categoría, hasta que llego el descenso, varios años en el Argentino/Federal A, hasta un nuevo descenso en el 2019 para jugar los torneos regionales hasta la fecha. Lo más destacado antes de este último descenso, fue un partido que mantuvo en vilo a la provincia, el 3 de mayo del 2014, por esas cosas del destino, tuvieron que jugar un desempate por no descender los máximo rivales de la provincia. Luego del empate sin goles, llegaron los penales, Mariano Maino (ex arquero del clásico rival) ataja un penal, Matías López liquida la serie para enviar al descenso a Central Norte.